全自動鍋爐軟水器系統設計為低故障率、低維護量。但是如果出現問題，本章列出了可能的原因和解決辦法，控制器很容易維護，易于更換和設定，具體細節可參照相關內容。
富萊克全自動鍋爐軟水器在使用時進水口應該長期打開，除非是設備檢修的情況下才需要關閉。如無須用水則可以關閉出水閥。
如果因為鍋爐軟水器設備再生不完全導致的出水不合格可以手動再生。
鍋爐軟水器設備在長期停用時需要將鹽水吸入罐內保護。工作步驟為先備好比平時多1/2的濃鹽水，將設備手動再生，等設備自行將鹽水吸干凈后立即將進水口關閉，同時切斷電源，關閉出水閥即可。
再次投入使用時只需再備好和正常工作一樣的鹽水，先打開進水閥，然后接上電源，讓設備自行復位后再手動再生一次完畢就可以打開出水閥。設備就可以產出合格的軟化水。
全自動鍋爐軟水器如果在工業生產的過程中使用的工業鹽太臟，應該至少每年對鹽桶進行一次清洗，最好是在清洗富萊克3900全自動鍋爐軟水器的過程中更換一次鹽井上的濾布，以保證吸鹽過程能夠順利進行。
